Kirken lå på bakketoppen mellem Lille Sct. Peder Stræde, Sct. Jørgens Vej og Slusen. Her udgravedes i 1870 fundamenterne til en rektangulær kirkebygning, ca. 38 meter lang. Kirken er omtalt første gang i 1274, og den eksisterede endnu på reformationstiden.