Korsbrødre, Duebrødre, Johannitere. Kært barn har mange navne. Oprindelsen til munkeordnen var blodig. Det var kampen mod de vantro i 1100 og 1200-tallet, der førte til disse munkeordner eller i nogle tilfælde små soldaterenheder, for regulær kamp var en hellig pligt. Johanniterne kæmpede også i åben kamp i Det Hellige Land, men de drev også et hospital i Jerusalem. Og det er i den egenskab vi møder dem i Danmark, nemlig som en hospitalsorden. Lederen af ordenshuset kaldtes enten prior eller forstander, og ham og hans flok af munke har folk kunnet møde i Viborgs gader iført mørk kutte og en mørk kappe, hvor der var påsyet det meget karakteristiske hvide ligearmede kors med splittede ender – malteserkorset.
Det danske hovedkloster i lå i Antvortskov ved Slagelse. Det blev stiftet af Valdemar den Store i 1164. Fra hovedsædet udsendtes mindre såkaldte johanniterboer eller kommandaturer. Med tiden kunne disse boer udvikle sig til et decideret johanniterkloster.
I Viborg hører vi første gang om Johanniterne i 1285, hvor greven af Eberstein skænker gods til klosteret. Han kone, Mariana, skænker også gods til klosteret, læser vi i en 200 år yngre afskrift, en såkaldt vidisse fra 1491. Det er sjældent, at de menige brødre træder frem i de skriftelige kilder, men broder Chresten Ekildsen er en undtagelse. I 25 år, fra 1453-78, nævnes han i mange Viborg-sammenhænge, så han må have været et kendt ansigt i samtiden. Efter hans død bekræfter hans halvbroder hans tilknytning til Johanniterne, og at han skænkede dem jordegods, og at det skete: ”I hans velmagtsdage, den tid han først tog ordensklæder på”.
Klosteret i Viborg må være stiftet kort tid før gaven i 1285, for i 1274 skænker Viborgbispen alle rettigheder og indkomster til Sct. Hans Kirke til moderklosteret i Antvorskov, og i 1284 skænkes Sct. Ibs Kirke til samme. Derfor kan der næppe have været noget Johanniterkloster i Viborg i 1274 eller 1284.
Der opstår tit misforståelser mellem den middelalderlige sognekirke Sct. Hans Kirke på nutidens Nytorv og Johanniternes kloster ved Sct. Ibs Gade, hvis klosterkirke også var indviet til Sankt Hans. Men det er to forskellige kirker og institutioner. Efter klosterets oprettelse var der i det mindste to Sankt Hans kirker i Viborg. Klosterkirken var indviet til Johannes Døberen (om kaldes Sankt Hans på dansk). Muligvis var sognekirken indviet til samme eller til Johannes Evangelist.
Klosteret ved Sct. Ibs Gade har været for dagen ved forskellige lejligheder i begyndelsen af 1800-tallet. Og det er igen murermester Gullev, der samler iagttagelserne. Kirken skulle ifølge Gullev have været 88 alen lang, ca. 55 m og udgjort nordfløjen i et firfløjet anlæg. Kirken har haft hvælvinger og får senere i middelalderen tilbygget to kapeller og et tårn. Resen skriver i sin beskrivelse af Viborg i 1677, at kirken var bygget med meget pragt.
Hvor nu Pilehaven ligger har museet været i kontakt med bygninger ved flere lejligheder. Men det har været lette bindingsværkshuse og spredte begravelser, som har ligger syd for det centrale klosteranlæg. Vel rester af de stalde, værksteder og lagerbygninger, der også hører til et kloster. Selve klosteret, som munkene beboede, lå inde under husene nord for Pilehaven. Ved byggearbejder i 1971 blev der optaget fundamentspæle, som museet for nylig har fået dateret til begyndelsen af 1300-tallet. Længere mod nord har kirkegården befundet sig og endnu længere nordpå igen selve hospitalet. Den fritliggende hospitalsbygning hører vi om i et brev fra 1527, og rester af huset blev afdækket for 50-60 år siden. Helt op mod byvolden lå klosterets store toft.
Men der er mere endnu. Går vi over på den anden side af Sct. Ibs Gade, finder vi pladsen for agerjorden, måske abildgården og flere økonomibygninger. Museet gravede her i 1985 og fandt en stor halvkælder, måske resterne af Johanniternes lagerbygning, der nævnes som nybygget i 1458. Efter reformationen blev klosteret et kongeligt len, senere indrettedes de forskellige klosterbygninger til ny formål. I 1546 får forstanderen ved Ålborg Kloster et hus her, og kirken bliver i 1552 overladt landstinget til domhus. I 1573 nedrives tårnet og de to kapeller af Jørgen Skram til Tjele. Da Domhuset flytter op i den gamle bispegård nord for domkirken (altså ikke den nuværende bispegård, som i middelalderen beboedes af kantoren, lederen af kirken kor) nedrives klosterkirken endeligt i 1578, og materialerne benyttes til reparationer på domkirken og bispegården.