Klostret er nævnt i testamenter fra 1263, 1268 og 1304, hvoraf det fremgår, at det var en selvstændig institution i forhold til nonneklostret i Asmild.
Det omtales sidste gang i 1461 i anledning af en retssag om rettigheder til en eng i et dokument, som senere befandt sig i Asmild klosters arkiv. Derfor antages det, at klostret blev nedlagt i slutningen af 1400-tallet, hvor godset blev overdraget til Asmild kloster.

Klosterbygningerne kendes ikke, men der er formodninger om, at klostret lå inde i byen i området, hvor Store Sct. Peder Stræde løber ud i Sct. Mathias Gade. Omkring 1500 var “Budolfi kloster” i Sct. Mathias Gade et verdsligt beboelseshus. Det blev nedrevet i 1906-07 af hensyn til den voksende trafik gennem Sct. Mathias Gade.