Sct. Stefans kirke er kun omtalt i 1378, og sognet nævnes i 1351. Kirken menes nedlagt før reformationen, men dens placering kendes ikke. Den har muligvis ligget på en kirketomt, der blev undersøgt i 1960 i forbindelse med udvidelsen af Lille Sct. Mikkels Gade, hvor man fandt spor af fundamentet fra et kirkekor over for udmundingen af Store Sct. Mikkels Gade. Der fandtes grave på alle sider af fundamenterne