Historien om Skipper Clement begyndte med den blodige borgerkrig kendt som Grevens Fejde, som fandt sted 1533 til 1536. Frederik den første havde i år 1523 med krigsmagt taget tronen fra Christian den anden, som blev spærret inde på Sønderborg Slot.
Da Frederik den første døde i 1533 var der ikke nogen til at blive konge over det danske rige. Grev Christoffer af Oldenborg – som kom til at lægge navn til den opståede borgerkrig – kæmpende nu for, at den gamle konge, Christian den anden, som stadig sad til fange på Sønderborg Slot, skulle genindsættes som konge. Herremændene og biskopperne ønskede ikke den gamle konge tilbage og derfor tog de selv magten. Det ville bønderne og borgerne ikke finde sig i, så i 1534 lavede de oprør. Deres leder var bondesønnen Clement Andersen.
Clement havde tidligere været kaptajn i Christian den andens tjeneste og sejlede som kaper i de nordiske farvande mod sin gamle konges fjender. Skipper Clements bondeoprør bredte sig langt ned i Midt- og Vestjylland lige til Varde. Clement forvandlede den i begyndelsen ret svage bondeopstand til en revolutionskrig, hvor borgere og bønder søgte udløsning for al deres indestængte vrede over for overklassen. En lang række jyske herregårde gik op i flammer, og herremændenes hær led den 16. oktober 1534 et knusende nederlag ved Svenstrup syd for Ålborg.
Herremændene stilling var på dette tidspunkt meget kritisk, men der kom undsætning fra Frederik den førstes gamle feltherre Johan Rantzau, som på dette tidspunkt befandt sig ved Lübeck. Bondehæren og Skipper Clement blev splittet og jaget på flugt af Rantzaus hær, som trængte op gennem Jylland. Skipper Clements styrker blev slået ned i Aalborg, som faldt den 18. december 1534. Skipper Clements skarer blev hugget ned. De af oprørene, som var selvejerbønder, fik frataget deres ejendom, og fæstebønderne måtte betale store bøder.
Skipper Clement slap i første omgang væk, men blev senere fanget. Han sad fængslet i knap 2 år, inden han kom for landsretten i Viborg. Den 9. september 1536 blev han halshugget på Viborg Gammel Torv og hans krop lagt på stejle. Hans hoved blev sat på en stage med en blykrone på.
