Historien om Skipper Clement begyndte med den blodige borgerkrig kendt som Grevens Fejde, som fandt sted 1534 til 1536, og som langt hen kan betragtes som et opgør mellem borgere og bønder på den ene side og adelen på den anden.
Efter Frederik 1.s død i 1533 kunne rigsrådet ikke enes om valg af en ny konge. Uenigheden skyldtes, at Frederiks ældste søn, hertug Christian af Slesvig-Holsten, havde vist, at han var tilhænger af det protestantiske opgør med den katolske kirke. Det betød, at de katolske bisper og deres tilhængere ikke kunne støtte hans valg som dansk konge, mens den protestantiske fløj i rigsrådet gerne så ham som rigets nye overhoved. Resultatet blev, at rigsrådet i første omgang skulle styre landet. Et andet muligt kongeemne var Christian 2., der var blevet fængslet af Frederik 1. i 1532. Han var borgernes og sandsynligvis også de fleste bønders favorit. Støtten til Christian 2. var især stærk i København og Malmø. Disse byer allierede sig med den fremtrædende nordtyske hanseby Lübeck, som var stærkt utilfreds med den handelspolitik, der var blevet ført i Danmark. Lübeckerne hyrede en slægtning af de danske konger, Grev Christoffer af Oldenburg, som fører for en hær af lejetropper, der skulle erobre Danmark i Christian 2.s navn. Det var efter ham, at den påfølgende krig fik navnet Grevens Fejde.
Grev Christoffers hær gik i land nord for København i juni 1534, og i løbet af få uger fik han magten over både Sjælland og Skåne. Udviklingen fik adelen i de øvrige landsdele til at tilbyde hertug Christian den danske krone i juli 1534, og i august samme år blev han hyldet i Horsens som Christian 3. Samtidig var der udbrudt oprør på Fyn, som første omgang blev knust af den nye konges tropper. Snart efter lykkedes det grev Christoffer at erobre Fyn. Oprøret bredte oprøret sig til Jylland, og i september ankom Christian 2.s tro mand Skipper Clement til Aalborg, hvor han snart efter bønderne til at rejse sig i oprør i hele det nordlige og vestlige Jylland, hvor en lang række herregårde og borge blev plyndret og brændt i den såkaldte Clementsfejde.
Clement havde tidligere været kaptajn i Christian 2.s tjeneste og sejlede som kaper i de nordiske farvande mod sin gamle konges fjender. Skipper Clements bondeoprør bredte sig langt ned i Midt- og Vestjylland lige til Varde. Clement forvandlede den i begyndelsen ret svage bondeopstand til en revolutionskrig, hvor borgere og bønder søgte udløsning for al deres indestængte vrede over for deres gamle plageånder. En lang række jyske herregårde gik op i flammer, og herremændenes hær led den 16. oktober 1534 et knusende nederlag ved Svenstrup syd for Ålborg.
Adelens stilling var på dette tidspunkt meget kritisk, men der kom undsætning fra Johan Rantzaus lejetrophær, som Christian 3. havde hyret. Johan Rantzau begynde med at angribe Lübeck fra Holsten. I november blev der sluttet fred mellem Lübeck og Holsten, og i december 1534 jagede Johan Rantzaus lejetrophær Skipper Clement og bondehæren op igennem Vestjylland og via Holstebro, Skive og Viborg til Aalborg. Da Skipper Clement nåede Viborg den 11. december 1534, var hans slagstyre skrumpet ind til under tusinde mand. Den 13. december 1534 rykkede Johan Rantzaus 4-5000 mand store lejetrophær ind i Viborg, som Skipper Clement og bondehæren just havde forladt. Først den 15. december 1534 om morgenen brød Johan Rantzaus lejetrophær op fra Viborg, og den 17. december 1534 stod den foran Aalborg. Flere Viborg-borgere var blevet udskrevet til at transportere hæren krudt og skyts. Aalborg taget ved storm og flertallet af bondehærens 8-900 mand blev hugget ned den 18. december 1534. De af oprørene, som var selvejerbønder, fik frataget deres ejendom, og fæstebønderne måtte betale store bøder.
Skipper Clement slap i første omgang væk, men blev senere fanget. Han førtes først til Gottorp hvor Christian 3. lod ham underkaste forhør. Han sad fængslet i knap 2 år, først på Flensborg Slot, og senere på Koldinghus.
Skipper Clement henrettedes ved halshugning den 9. september 1536 på Viborg Landsting. Det præcise sted kendes ikke med sikkerhed, men formodentlig var det en offentlig forestilling på Gammeltorv foran Viborg Domkirke. Efter henrettelsen blev hans hoved sat på en stage, og hans parterede krop blev lagt på stejler. Ifølge traditionen var han blevet udstyret med en blykrone, fordi han havde stræbt efter riget.