Kirken lå langs nordsiden af det nuværende Nytorv. Antvorskov Kloster fik i 1274 al rettighed og alle indkomster fra Sct. Hans kirke, men i 1440 hørte kirken under domkapitlet. 

Kirkens kor og skib blev nedrevet i 1529, hvor viborgenserne fik kongens tilladelse til at nedrive byens 12 sognekirker og benytte byens grå- og sortebrødreklostre til byens nye store sognkirker. Kirketårnet til Sct. Hans Kirke med byens stormklokke blev dog stående indtil 1584, hvor den tidligere kirkegård med nogle nyopførte bygårde blev ryddet for at give plads til et helt nyt torv i anledning af den 7 årige prins Christians hyldning, den senere Christian 4.

Kirken blev undersøgt af Viborg Museum i 2014 og i 2015 i forbindelse med omlægningen af Nytorv.