Kirken lå på nordsiden af Nytorv, hvor kirketårnet med byens stormklokke blev stående indtil 1584, hvor kirkegården blev ryddet for at give plads til et nyt torv i anledning af Christian den Fjerdes hyldning. Kirken var lidt større end nogen af de andre sognekirker. Antvorskov Kloster fik i 1274 al rettighed og alle indkomster fra Sankt Hans kirke, men i 1440 hørte kirken under domkapitlet.